Fundacje oraz stowarzyszenia mogą poprawnie funkcjonować i realizować swoje cele tylko wtedy, kiedy zadba się o odpowiednią organizację pracy. Szczególne znaczenie ma ustalenie władz oraz zakresu ich kompetencji. Informacje na ten temat powinny znaleźć się w statucie organizacji pozarządowej.
W przypadku fundacji decyzje podejmowane są przez zarząd. Wyboru pierwszego zarządu zazwyczaj dokonuje fundator, natomiast później jest on wybierany zgodnie z zasadami określonymi w statucie. Nowy zarząd może być wybierany na przykład przez inny organ fundacji albo przez ustępujący zarząd. Dokładne prawa i obowiązki członków zarządu uregulowane są w statucie danej fundacji, jednak jako najważniejsze zadania takich osób można wskazać podejmowanie decyzji oraz funkcje reprezentacyjne.
W stowarzyszeniu najważniejszym organem decyzyjnym jest walne zebranie członków organizacji. W przypadku stowarzyszeń posiadających bardzo dużą liczbę członków możliwe jest zastąpienie walnego zebrania zebraniem delegatów. Zarząd stowarzyszenia jest organem wykonawczym, który odpowiada za codzienne funkcjonowanie organizacji. Zarząd wybierany jest przez członków stowarzyszenia w sposób wskazany w statucie. Stowarzyszenia posiadają także komisje rewizyjne, czyli organ kontrolny nadzorujący pracę zarządu. Komisję wybierają członkowie stowarzyszenia zgodnie z zasadami określonymi w statucie.
W przypadku wątpliwości dotyczących najważniejszych organów fundacji i stowarzyszeń należy zapoznać się z odpowiednimi przepisami.